Senec se nachází na jihozápadě Slovenska, 25 km východně od Bratislavy. Město leží v nadmořské výšce asi 121 až 160 m n. m. a rozkládá se na rozhraní Podunajské roviny a pahorkatiny. Severním okrajem města přechází dálnice D1 Bratislava - Žilina. Nedaleko také leží bratislavské Letiště Milana Rastislava Štefánika.